Molti studiosi ritengono che il discepolo menzionato in Giovanni 1:40 potrebbe essere l'autore di questo Vangelo, ossia l'apostolo Giovanni. Questa ipotesi è corroborata dal fatto che Giovanni non si nomina mai esplicitamente nel proprio Vangelo; si riferisce piuttosto a se stesso con l'espressione «il discepolo che Gesù amava». Adotta così un atteggiamento discreto lungo tutto il suo racconto.
Giovanni 13.23: Durante l'ultima Cena, Giovanni è descritto come vicino a Gesù.
Giovanni 19.26-27: Ai piedi della croce, Gesù affida sua madre a questo discepolo.
Giovanni 20.2: Maria Maddalena corre a informare «il discepolo che Gesù amava» e Pietro della tomba vuota.
Giovanni 21.7: Questo discepolo riconosce Gesù sulla riva dopo la risurrezione.
Giovanni 21.20-24: Una conversazione tra Gesù e Pietro fa menzione di questo discepolo.
L'espressione «il discepolo che Gesù amava» non significa che gli altri discepoli fossero meno amati. Tutti erano amati allo stesso modo, e ciascuno avrebbe potuto descriversi così. Pietro menziona questo legame a motivo della sua sensibilità.
L'anonimato in Giovanni 1.40 può essere interpretato in modo simile a questi esempi.
Alcuni studiosi propongono che questo discepolo anonimo sia Filippo. Questa ipotesi si basa sulla chiamata di Filippo in Giovanni 1.43, che indica un possibile incontro precedente. Questo contesto può essere paragonato alla chiamata di Levi (Matteo 9.9-13), per la quale si è pure suggerito che vi fosse stato un incontro precedente, sebbene senza prove concrete.
È dunque difficile scegliere tra Giovanni e Filippo. Tuttavia, la nostra preferenza va a Giovanni, per il suo status di discepolo importante all'interno del gruppo dei dodici. La sua testimonianza ci sembra altrettanto pertinente di quella di Andrea, Pietro, Filippo e Natanaele. Nell'eventualità che questo discepolo fosse Filippo, ci mancherebbero informazioni sull'apostolo Giovanni, che occupa una posizione preponderante all'interno del gruppo degli apostoli.