חוקרים רבים סבורים שהתלמיד המוזכר ביוחנן 1:40 עשוי להיות מחבר הבשורה הזאת, הוא השליח יוחנן. השערה זו נתמכת בכך שיוחנן אינו מציין את שמו במפורש בבשורתו שלו; במקום זאת הוא מתייחס לעצמו בביטוי “התלמיד שישוע אהב”. כך הוא נוקט עמדה צנועה לאורך כל סיפורו.
יוחנן 13.23: בסעודה האחרונה מתואר יוחנן כמי שנמצא קרוב לישוע.
יוחנן 19.26-27: למרגלות הצלב ישוע מפקיד את אמו בידי התלמיד הזה.
יוחנן 20.2: מרים המגדלית רצה להודיע ל“תלמיד שישוע אהב” ולפטרוס על הקבר הריק.
יוחנן 21.7: התלמיד הזה מזהה את ישוע על החוף לאחר התחייה.
יוחנן 21.20-24: שיחה בין ישוע לפטרוס מזכירה את התלמיד הזה.
הביטוי “התלמיד שישוע אהב” אינו אומר שהתלמידים האחרים נאהבו פחות. כולם נאהבו באותה מידה, וכל אחד מהם יכול היה לתאר את עצמו כך. פטרוס מזכיר קשר זה בשל רגישותו.
אפשר לפרש את האנונימיות ביוחנן 1.40 באופן דומה לדוגמאות אלה.
חוקרים מסוימים מציעים שהתלמיד האלמוני הוא פיליפוס. השערה זו מבוססת על קריאתו של פיליפוס ביוחנן 1.43, המצביעה על פגישה קודמת אפשרית. אפשר להשוות הקשר זה לקריאתו של לוי (מתי 9.9-13), שגם לגביה הוצע שהייתה פגישה קודמת, אם כי ללא הוכחות ממשיות.
לכן קשה לבחור בין יוחנן לפיליפוס. עם זאת, ההעדפה שלנו נוטה ליוחנן בשל מעמדו כתלמיד חשוב בקבוצת השנים עשר. עדותו נראית לנו רלוונטית כמו עדותם של אנדראס, פטרוס, פיליפוס ונתנאל. אילו היה התלמיד הזה פיליפוס, היה חסר לנו מידע על השליח יוחנן, המחזיק בעמדה בכירה בקבוצת השליחים.